1.土壤变板结，活土层变浅。由于大量施用化肥，忽视有机肥的施用，土壤肥力出现活性衰退，有机质匮乏，透气性降低，需氧性的微生物活性下降；长期得不到深翻，土壤熟化慢、棚室土壤耕层变浅，造成土壤板结，蔬菜根系发育不良，从而影响蔬菜生长。
2.土壤盐渍化。由于棚室内过量施用化肥，致使土壤中盐离子增多，pH值升高，土壤盐渍化加重，妨碍根系正常吸水，影响植株生长。
3.微量元素缺乏。由于棚室内多年连作，土壤中的锌、硼、钼、铜、锰等微量元素日渐减少，如果得不到及时补充，会造成棚室土壤微量元素严重缺乏，影响蔬菜的生长发育。
4.病虫害积累。棚室蔬菜多年连作后，病菌虫害在土壤中逐年积累，导致病虫危害加重，增加了农药使用量，造成蔬菜污染。
二、土壤障碍的治理措施
1.轮作换茬。不要连续多年多季种植同一类蔬菜，要适当轮作换茬。如瓜类蔬菜与葱类蔬菜轮作，可减少病虫害发生。
2.增施有机肥。施用有机肥，特别是施用纤维较多的粗肥，能够改善土壤结构，增强土壤透气性和保水保肥蓄热能力，使土壤疏松肥沃，防止盐分聚集，促进蔬菜根系发育，提高抗病能力，缓解土壤盐渍化程度。
3.适当休闲。连续种植多年的棚室，应适当休闲，利用休闲时深翻晒土，消灭病虫源，恢复地力。
4.施用微肥。微肥作底肥或作根外追肥，可有效解决土壤中微量元素含量不足的问题。
