有机食品是卫生安全性最高的食品，其对人类健康和生态环保农业具有积极的意义。有机食品不仅要求在生产过程中严格按照要求有机产品标准执行，在其加工过程中也面临着有害因素的危害，因而要多加注意。
专业从事有机食品研究和认证的国家环保部有机食品发展中心（OFDC）的专家认为，在加工过程中，应保持设施、设备的卫生状况良好，并使用合理的工具和科学的熏蒸措施，以保障有机食品的完整性和卫生安全性、促进有机食品产业健康发展。
有效预防是关键
据环保部有机食品发展中心的专家介绍，在有机食品加工中，为预防有害生物的发生，应优先采取以下措施：1.消除有害生物的孳生条件。2.防止有害生物接触加工设备。3.通过对温度、湿度、光照、空气等环境因素的控制，防止有害生物的繁殖。
允许使用机械类、信息素类、气味类、粘着性的捕害工具、物理障碍、硅藻土、声光电器具，作为防治有害生物的设施或材料。
对有机加工中的鼠类、苍蝇、昆虫等有害生物的侵害，应以预防为主。首先，要定期清理、清洗加工、储存、运输设施和仓库、运输工具等，保持加工区内外环境的清洁，不使有害生物有生存的条件。多数加工厂完全有条件搞好卫生，其卫生方面的严重问题主要是由于管理不力造成的。一个企业要从事有机食品加工业，须首先解决管理方面的问题。
其次，在不能完全杜绝有害生物侵害的情况下，可采取以下应对措施：硬化车间、仓库和厂区地面，门窗安装防护网、棚栏，布设杀虫灯、机械鼠夹、粘鼠板、粘蝇纸，还可饲养能捕鼠的猫；尽量防止有害生物接触到有机食品原料、半成品，特别是成品。需要特别注意的是，在控制有害生物尤其是鼠害的时候，很多加工厂习惯于用剧毒化学品来拌诱饵，且有的就放置在食品加工和储存场所，这些都不符合有机标准要求。
第三，温度、湿度、光照、空气等方面的控制措施也是防治有害生物发生、繁殖和危害的有效手段，如低温冷藏、干燥保存、真空或密闭储存等。现代加工、仓储和运输业在这方面积累了丰富经验，这些手段基本上都是有机食品加工所允许使用的，因此，有机加工者应尽量多采取这些措施来控制有害生物。
