有机大豆种植时提前做好预防措施能有效避免病虫害的发生。
合理轮作换茬
严禁重茬与迎茬。对土传病害（大豆根腐病）和以病残体越冬为主的病害（灰斑病、褐纹病、细菌斑点病等），以及在土壤中越冬的害虫（大豆根潜蝇、二条叶甲、蓟马等），通过3年轮作即可减轻危害。当前推广的麦-麦-豆，麦-豆-杂，麦-杂-豆，以及麦-麦-豆-杂，麦-豆-麦-杂，玉-玉-豆等轮作体系可达到减轻病虫害发生的作用。对发生大豆孢囊线虫病的地区，至少应实行5年以上轮作方可减轻病情。
清除病残体
大豆收割后应清除田间病株残体，并及早翻地，将病残体深埋地下，以加速病原菌消亡，减轻病情。对越冬于土壤中的害虫，通过耕翻将害虫翻到土表，经过耙、压、耢地、机械损伤，加之日晒、风吹、雨淋、天敌食取，可大大增加害虫的死亡率，有效减缓第二年害虫的发生与危害。
选用抗病虫品种
结合本地区自然条件及病虫害种类，选用高产抗病虫品种。要从无病区地块或无病株及虫粒率低的地块留种。
外地调种时，首先要掌握产地的病虫害情况，严格检验有无检疫对象，凡是种子中混杂有菟丝子、野燕麦、菌核等严禁调用或调出作种，尽可能避免从孢囊线虫病较重地区引调种子。
加强栽培管理
播种期过早或播种过深均可加重根腐病发生。一般表土0～5厘米土温基本稳定在6～8℃时即可播种，注意墒情，湿度大时，应晚播而不能顶湿强播。播种深度一般掌握在4～5厘米，如应用播后苗前除草剂时，可适当调整播种深度，因过浅时，易造成药害，但又不能过深。
增施有机肥料，合理施用化肥，N、P、K配比要适当，避免单纯过多施用N肥，防止贪青徒长、倒伏及晚熟，以提高大豆抗病虫能力，使大豆整个生育期间均能健壮发育。
进行至少两次中耕，大豆根腐病重的地块根据苗情及早进行，改善土壤通透性，地温提高，促进新生根大量形成。对连作大豆地，一定要在7月下旬至8月上、中旬中耕培土一次，可以堵塞食心虫羽化，使成虫不能出土或减少出土量或机械杀伤大量的幼虫、蛹、成虫，减轻虫食率。每次中耕前要全面掌握豆田草情、病情、虫情，用以确定配装复式作业。
根据大豆生育期间的实际情况，可采取较灵活的辅助措施，如遇连雨年份就要加强排涝、注意草情，后期出现大草尚需人工除去。
