(1)有机鸭的疾病预防应依据以下原则进行：
①根据地区特点选择适应性强、抗性强的品种；②提供优质饲料、适当的营养及合适的运动等饲养管理方法，增强有机鸭的非特异性免疫力；③加强设施和环境卫生管理，并保持适宜的有机鸭饲养密度。
（2）可在有机鸭饲养场所使用GB/T19630.1—2011附录B表B.2中所列的消毒剂。消毒处理时，应将鸭群迁出处理区。应定期清理鸭群粪便。
（3）可采用植物源制剂、微量元素和中兽医、针灸、顺势治疗等疗法医治有机鸭疾病。
（4）可使用疫苗预防接种，不应使用基因工程疫苗（国家强制免疫的疫苗除外）。当养殖场有发生某种疾病的危险而又不能用其他方法控制时，可紧急预防接种（包括为了促使母源体抗体物质的产生而采取的接种）。
（5）不应使用抗生素或化学合成的兽药对有机鸭进行预防性治疗。
（6）当采用多种预防措施仍无法控制有机鸭疾病或伤痛时，可在兽医的指导下对患病畜禽使用常规兽药，但应经过该药物的休药期的2倍时间（如果2倍休药期不足48h，则应达到48h）之后，这些有机鸭及其产品才能作为有机产品出售。
（7）不应为了刺激有机鸭生长而使用抗生素、化学合成的抗寄生虫药或其他生长促进剂。不应使用激素控制有机鸭的生殖行为（例如诱导发情、同期发情、超数排卵等），但激素可在兽医监督下用于对个别动物进行疾病治疗。
（8）除法定的疫苗接种、驱除寄生虫治疗外，养殖期不足12个月的畜禽只可接受一个疗程的抗生素或化学合成的兽药治疗；养殖期超过12个月的，每12个月最多可接受三个疗程的抗生素或化学合成的兽药治疗。超过允许疗程的，应再经过规定的转换期。
（9）对于接受过抗生素或化学合成的兽药治疗的畜禽，大型动物应逐个标记，家禽和小型动物则可按群批标记。
不应进行以下非治疗性手术：①断喙、断趾；②烙翅；③其他没有明确允许采取的非治疗性手术。
