一、有机种子仓库应选择地势高燥，地下水位低，向阳背风的地方，仓库要具备一定的防潮和隔热性能，即能密闭保持低温干燥，又能通风，防温散湿。
二、有机种子含水量愈低，呼吸愈弱。在有机种子贮存前，应充分晾晒、扬净并严格检验，使其含水量、净度等，达到安全贮存标准后，才能入库贮存。如因天气不好等原因，没有充分晾晒，在有机种子入库后，应进行强烈通风，使有机种子含水量下降。净度观察台，真空吸种置床仪，面筋测定仪，粮食水份仪。
三、有机种子后熟期间，呼吸旺盛。因此，在有机种子入库贮存前，应充分晾晒，以促使其后熟作用提前完成；对后熟作用时间较长的作物有机种子，入库贮存初期，应进行强烈通风，以降温散湿。
四、有机种子曝晒后应充分摊晾降温，再入库贮存，以免造成有机种子温度过高，增强呼吸，或因仓库与有机种子温差大，而出现水分再分配现象，造成有机种子吸湿返潮。
五、在有机种子贮存期间，应加强对仓库温湿度的检查。如有异常现象，应选择晴朗天气，及时通风换气，降温散湿，并查明原因，及时采取措施。
六、在有机种子贮存期间，还应加强对有机种子温度、含水量和害虫的检查。有异常现象，应及时采取措施。如通风换气、深耙有机种子堆表面、翻仓倒囤、晾晒除杂等，以散潮降温。采用曝晒、冷冻等方法，恶化害虫和微生物生存条件，同时也能直接杀死害虫和微生物。如虫害较严重或不易翻仓倒囤晾晒，可用磷化铝或磷化氢等防治。
