有机冬瓜算是高产的有机蔬菜，菜农一般也会保存起来过冬食用，农家一般利用自家现有条件进行冬瓜的延期贮藏保鲜，既可延长冬瓜的销售供应期，又可大大增加经济效益，值得大力推广利用。具体技术如下：
选择经严格挑选、大小一致、无破损的成熟有机冬瓜于库内堆贮或架贮。
堆贮的冬瓜应先在库底垫上干草或草帘，然后在上面摆放冬瓜，一般不超过3层，以免压伤损坏。
架贮有机冬瓜因通风较好，相应比堆贮的要好，架贮冬瓜时也应在贮架上先铺垫干草等柔软的通风材料，然后再将冬瓜摆上去。在摆放过程中，应根据冬瓜在田间生长时的状态进行摆放，切不可错置，一定要做到田间怎么长，窑库怎么放，因为瓜瓤已适应其重力作用方向，贮藏时保持原有的重力方向，瓜瓤不易产生裂伤，贮藏时间便可以更长一些。
有机冬瓜属冷敏性蔬菜，喜温耐热，不耐低温，低于10℃就会发生冻害。贮藏冬瓜的适宜温度为10~15℃，相对湿度为70%~75%。因此贮藏期间，特别是冬瓜刚入库时，应注意加强通风，在中午气温较高时，一定要打开库窗进行通风换气，既有利于散热降温，又可排除湿气，降低环境湿度，保持库内干燥状态。
有机冬瓜贮藏期间，只要能掌握好温、湿度环境条件，一般均可贮藏3~4月或更长时间。
