防治有机蔬菜根结线虫病应采取以植物检疫、栽培措施为主生物防治为辅的综合措施进行防治。
(1)在没有发生过根结线虫的地区，应当实行较严厉的检疫措施，将根结线虫限制在本地区以外。在已有根结线虫发生的地区，要尽可能地将其限制在疫区。做到不到疫区去因中其种苗。在本地区已有根结线虫发生时，可用进入温室换鞋法，避免将线虫带入自己的菜田。同时，避免使用未经清洗的的农机具在自己的菜田里操作。
(2)轮作倒茬。如果菜田已遭根结线虫的污染可使用水淹法进行清除。即有条件地区对地表10厘米，或更深土层淤灌几个月，可起到防止根结线虫侵染，繁殖和增长的作用。
(3)在根结线虫发生严重田块，实行与石刁柏（芦笋）2年或5年轮作，可收到理想效果。此外，有机芹菜、有机黄瓜、有机番茄是高感菜类，有机大葱、有机韭菜、有机辣椒是抗耐病菜类，病田种植抗耐病蔬菜可减少损失，降低土壤中线虫量，减轻下茬受害。
(4)选用无病土育苗。根结线虫多分布在3～9cm表土层，深翻可减少有机蔬菜的感染程度。
