有机韭菜灰霉病：韭菜灰霉病又叫白斑病，主要损害叶片，发病初期叶面上生有白色浅灰褐色小点，雀斑逐步扩展成梭形或椭圆形病斑。湿润时枯叶外表密生灰色至灰褐色绒毛状霉层，发粘。后期病斑互相联结成大片枯死斑，致使叶片枯死。
有机韭菜疫病：疫病是韭菜的主要病害，韭菜的鳞茎、假茎、叶片、叶鞘、花苔等各个部位都可发病，尤以假茎和鳞茎被害最重，湿度大时，病部长出灰白色霉状物。假茎被害呈浅褐色软腐，叶鞘易脱落。鳞茎被害，根盘部呈褐色糜烂，切开受害部位，内部组织呈浅褐色。根尖褐色，根毛减少，影响水分吸收，很少发新根，长势弱。
有机韭蛆：韭蛆主要在冬季保护地和温室韭菜上损害较重，因为温室大棚暖和湿润，韭根密集、环境适宜、韭蛆滋生迅速，幼虫主要钻食韭菜的地下部分，韭蛆有腐食特点，喜湿怕干，并群集在韭菜鳞茎里损害。轻者萎蔫断叶，重者成墩枯死。
