有机马铃薯贮藏分为夏贮和冬贮两种。前者因炎夏高温，应防止块茎失水过多和芽眼受高温刺激老化；后者因严冬低温，应防止块茎受冻。两季作区春薯收后夏贮，主要解决好降温或通风问题。贮藏方法可采用：

堆藏：海拔1000米左右地区，冬贮可在室内贮藏（室温保持在0℃以上），周围用席围住薯堆，以便随时取用。也可以甘薯窖贮藏马铃薯。

架藏：一般用架藏或竹楼贮藏，可以上下通风，薯堆温度不致过高，架藏结构简单，选阴凉通风有散射光的地方（室内、外均可），用粗竹、木做成架床，分层放薯，每层距离约0.5～0.7米，每架之间留有通道，以便管理操作。

通风贮藏库：利用地下室温度较低的特点，作为冷库进行大量贮藏。国外马铃薯主要生产地区，多利用有空调装置的贮藏窖，保持窖温1℃～5℃，配上电气通风装置，以调节温度。

此外，海拔1500米以上地区，可采用沟贮法。沟深1～1.7米，沟两侧挖排水沟，装薯时，每放0.3～0.7米厚的薯，浅盖0.7米沙土，直至距沟面1/3深度是，上盖一层干细沙土，为了保温，再在上面加盖一层稻草。放入薯块后，在沟中部安置一测温筒，以便随时监测温度。